CRAN Package Check Results for Package tidyMicro

Last updated on 2022-01-28 04:01:05 CET.

Flavor Version Tinstall Tcheck Ttotal Status Flags
r-devel-linux-x86_64-debian-clang 1.47 18.46 328.01 346.47 OK
r-devel-linux-x86_64-debian-gcc 1.47 14.97 121.82 136.79 ERROR
r-devel-linux-x86_64-fedora-clang 1.47 412.62 NOTE
r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc 1.47 394.58 NOTE
r-devel-windows-x86_64-new-UL 1.47 81.00 173.00 254.00 ERROR
r-devel-windows-x86_64-new-TK 1.47 ERROR
r-patched-linux-x86_64 1.47 18.63 292.15 310.78 OK
r-release-linux-x86_64 1.47 17.21 294.68 311.89 OK
r-release-macos-arm64 1.47 NOTE
r-release-macos-x86_64 1.47 NOTE
r-release-windows-ix86+x86_64 1.47 37.00 344.00 381.00 OK
r-oldrel-macos-x86_64 1.47 NOTE
r-oldrel-windows-ix86+x86_64 1.47 39.00 359.00 398.00 OK

Check Details

Version: 1.47
Check: examples
Result: ERROR
    Running examples in ‘tidyMicro-Ex.R’ failed
    The error most likely occurred in:
    
    > base::assign(".ptime", proc.time(), pos = "CheckExEnv")
    > ### Name: alpha_div
    > ### Title: Alpha Diversity Calculations for tidy_micro
    > ### Aliases: alpha_div
    >
    > ### ** Examples
    >
    > data(bpd_phy); data(bpd_cla); data(bpd_ord); data(bpd_fam); data(bpd_clin)
    > otu_tabs = list(Phylum = bpd_phy, Class = bpd_cla,
    + Order = bpd_ord, Family = bpd_fam)
    >
    > set <- tidy_micro(otu_tabs = otu_tabs, clinical = bpd_clin) %>%
    + filter(day == 7) ## Only including the first week
    Error:
    ! Can't subset `.data` outside of a data mask context.
    Backtrace:
     ▆
     1. ├─tidy_micro(otu_tabs = otu_tabs, clinical = bpd_clin) %>% ...
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(otu_tabs = otu_tabs, clinical = bpd_clin)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
    Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-gcc

Version: 1.47
Check: tests
Result: ERROR
     Running ‘testthat.R’ [18s/33s]
    Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
    Complete output:
     > library(testthat)
     > library(tidyMicro)
     Loading required package: tidyverse
     ── Attaching packages ─────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.1 ──
     ✔ ggplot2 3.3.5 ✔ purrr 0.3.4
     ✔ tibble 3.1.6 ✔ dplyr 1.0.7
     ✔ tidyr 1.1.4 ✔ stringr 1.4.0
     ✔ readr 2.1.1 ✔ forcats 0.5.1
     ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
     ✖ readr::edition_get() masks testthat::edition_get()
     ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
     ✖ purrr::is_null() masks testthat::is_null()
     ✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
     ✖ readr::local_edition() masks testthat::local_edition()
     ✖ dplyr::matches() masks tidyr::matches(), testthat::matches()
     >
     > test_check("tidyMicro")
     [ FAIL 18 | WARN 0 | SKIP 2 | PASS 2 ]
    
     ══ Skipped tests ═══════════════════════════════════════════════════════════════
     • On CRAN (2)
    
     ══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════
     ── Error (test_bb_bars.R:7:3): bb_bars knows it is a bb_mod ────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_bb_bars.R:7:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_beta_heatmap.R:7:3): beta_heat map breaks with more than 1 variable ──
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_beta_heatmap.R:7:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_chisq_rank_sum.R:6:3): micro_chisq only takes correct modsum ────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_chisq_rank_sum.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_cor_heatmap.R:7:3): cor_heatmap takes numeric values only ───────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_cor_heatmap.R:7:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_cor_heatmap.R:20:3): cor_heatmap takes numeric values only ──────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_cor_heatmap.R:20:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_cor_rocky_mtn.R:7:3): cor_rocky_mtn takes numeric values only ───
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_cor_rocky_mtn.R:7:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_cor_rocky_mtn.R:21:3): cor_rocky_mtn takes numeric values only ──
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_cor_rocky_mtn.R:21:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_forest.R:6:3): micro_forest needs correct modsum ──────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_forest.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_heatmap.R:6:3): micro_heatmap needs correct modsum ────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_heatmap.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_pca.R:6:3): micro_pca needs grp_var ───────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_pca.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_pca.R:17:3): micro_pca distance matrix ────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_pca.R:17:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_rocky_mtn.R:6:3): micro_rocky_mtn requires specified covariate ──
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_rocky_mtn.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_rocky_mtn.R:19:3): micro_rocky_mtn requires nb_ or bb_mods ──
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_rocky_mtn.R:19:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_otu_filters.R:9:5): filter limits work ──────────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_otu_filters.R:9:4
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_pca_3d.R:6:3): warning message pops ─────────────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─testthat::expect_warning(...) at test_pca_3d.R:6:2
     2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), label, capture_warnings)
     3. │ ├─testthat .capture(...)
     4. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     5. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
     6. ├─... %>% ...
     7. ├─tidyMicro::pca_3d(., table = "P", time_var = day, subject = study_id)
     8. │ ├─table %nin% unique(micro_set$Table)
     9. │ │ └─base f(...)
     10. │ └─base::unique(micro_set$Table)
     11. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     12. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     13. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     14. │ └─otu_tabs %>% ...
     15. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     16. │ └─plyr::llply(...)
     17. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     18. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     19. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     20. │ └─... %>% ...
     21. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     22. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     23. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     24. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     25. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     26. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     27. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     28. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     29. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     30. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     31. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     32. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     33. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     34. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     35. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     36. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     37. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     38. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     39. ├─rlang::.data$Lib
     40. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     41. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     42. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_pca_3d.R:17:3): Requires 'time_var' and 'subject' ───────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─tidyMicro::tidy_micro(...) at test_pca_3d.R:17:2
     2. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     3. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     4. │ └─otu_tabs %>% ...
     5. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     6. │ └─plyr::llply(...)
     7. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     8. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     9. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     10. │ └─... %>% ...
     11. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     12. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     13. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     14. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     15. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     16. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     17. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     18. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     19. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     20. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     21. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     22. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     23. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     24. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     25. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     26. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     28. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     29. ├─rlang::.data$Lib
     30. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     31. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     32. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_ra_bars.R:6:3): ra_bars can't have both top_taxa and RA ─────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_ra_bars.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_tidyMicro.R:20:3): Named lists and lists give same result ───────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─tidyMicro::tidy_micro(...) at test_tidyMicro.R:20:2
     2. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     3. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     4. │ └─otu_tabs %>% ...
     5. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     6. │ └─plyr::llply(...)
     7. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     8. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     9. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     10. │ └─... %>% ...
     11. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     12. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     13. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     14. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     15. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     16. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     17. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     18. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     19. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     20. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     21. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     22. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     23. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     24. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     25. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     26. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     28. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     29. ├─rlang::.data$Lib
     30. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     31. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     32. └─rlang::abort(...)
    
     [ FAIL 18 | WARN 0 | SKIP 2 | PASS 2 ]
     Error: Test failures
     Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-gcc

Version: 1.47
Check: re-building of vignette outputs
Result: WARN
    Error(s) in re-building vignettes:
     ...
    --- re-building ‘tidy_micro_vignette.Rmd’ using rmarkdown
    Quitting from lines 88-93 (tidy_micro_vignette.Rmd)
    Error: processing vignette ‘tidy_micro_vignette.Rmd’ failed with diagnostics:
    Can't subset `.data` outside of a data mask context.
    --- failed re-building ‘tidy_micro_vignette.Rmd’
    
    SUMMARY: processing the following file failed:
     ‘tidy_micro_vignette.Rmd’
    
    Error: Vignette re-building failed.
    Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-gcc

Version: 1.47
Check: package dependencies
Result: NOTE
    Imports includes 30 non-default packages.
    Importing from so many packages makes the package vulnerable to any of
    them becoming unavailable. Move as many as possible to Suggests and
    use conditionally.
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang

Version: 1.47
Check: dependencies in R code
Result: NOTE
    Namespaces in Imports field not imported from:
     ‘Evomorph’ ‘cowplot’ ‘factoextra’ ‘gridExtra’ ‘lme4’ ‘lsr’ ‘plotly’
     ‘png’ ‘shapes’
     All declared Imports should be used.
Flavors: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang, r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc, r-release-macos-arm64, r-release-macos-x86_64, r-oldrel-macos-x86_64

Version: 1.47
Check: examples
Result: ERROR
    Running examples in 'tidyMicro-Ex.R' failed
    The error most likely occurred in:
    
    > ### Name: alpha_div
    > ### Title: Alpha Diversity Calculations for tidy_micro
    > ### Aliases: alpha_div
    >
    > ### ** Examples
    >
    > data(bpd_phy); data(bpd_cla); data(bpd_ord); data(bpd_fam); data(bpd_clin)
    > otu_tabs = list(Phylum = bpd_phy, Class = bpd_cla,
    + Order = bpd_ord, Family = bpd_fam)
    >
    > set <- tidy_micro(otu_tabs = otu_tabs, clinical = bpd_clin) %>%
    + filter(day == 7) ## Only including the first week
    Error:
    ! Can't subset `.data` outside of a data mask context.
    Backtrace:
     ▆
     1. ├─tidy_micro(otu_tabs = otu_tabs, clinical = bpd_clin) %>% ...
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(otu_tabs = otu_tabs, clinical = bpd_clin)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
    Execution halted
Flavor: r-devel-windows-x86_64-new-UL

Version: 1.47
Check: tests
Result: ERROR
     Running 'testthat.R' [23s]
    Running the tests in 'tests/testthat.R' failed.
    Complete output:
     > library(testthat)
     > library(tidyMicro)
     Loading required package: tidyverse
     ── Attaching packages ─────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.1 ──
     ✔ ggplot2 3.3.5 ✔ purrr 0.3.4
     ✔ tibble 3.1.6 ✔ dplyr 1.0.7
     ✔ tidyr 1.1.4 ✔ stringr 1.4.0
     ✔ readr 2.1.1 ✔ forcats 0.5.1
     ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
     ✖ readr::edition_get() masks testthat::edition_get()
     ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
     ✖ purrr::is_null() masks testthat::is_null()
     ✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
     ✖ readr::local_edition() masks testthat::local_edition()
     ✖ dplyr::matches() masks tidyr::matches(), testthat::matches()
     >
     > test_check("tidyMicro")
     [ FAIL 18 | WARN 0 | SKIP 2 | PASS 2 ]
    
     ══ Skipped tests ═══════════════════════════════════════════════════════════════
     • On CRAN (2)
    
     ══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════
     ── Error (test_bb_bars.R:7:3): bb_bars knows it is a bb_mod ────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_bb_bars.R:7:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_beta_heatmap.R:7:3): beta_heat map breaks with more than 1 variable ──
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_beta_heatmap.R:7:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_chisq_rank_sum.R:6:3): micro_chisq only takes correct modsum ────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_chisq_rank_sum.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_cor_heatmap.R:7:3): cor_heatmap takes numeric values only ───────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_cor_heatmap.R:7:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_cor_heatmap.R:20:3): cor_heatmap takes numeric values only ──────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_cor_heatmap.R:20:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_cor_rocky_mtn.R:7:3): cor_rocky_mtn takes numeric values only ───
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_cor_rocky_mtn.R:7:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_cor_rocky_mtn.R:21:3): cor_rocky_mtn takes numeric values only ──
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_cor_rocky_mtn.R:21:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_forest.R:6:3): micro_forest needs correct modsum ──────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_forest.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_heatmap.R:6:3): micro_heatmap needs correct modsum ────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_heatmap.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_pca.R:6:3): micro_pca needs grp_var ───────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_pca.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_pca.R:17:3): micro_pca distance matrix ────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_pca.R:17:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_rocky_mtn.R:6:3): micro_rocky_mtn requires specified covariate ──
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_rocky_mtn.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_micro_rocky_mtn.R:19:3): micro_rocky_mtn requires nb_ or bb_mods ──
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_micro_rocky_mtn.R:19:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_otu_filters.R:9:5): filter limits work ──────────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_otu_filters.R:9:4
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_pca_3d.R:6:3): warning message pops ─────────────────────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─testthat::expect_warning(...) at test_pca_3d.R:6:2
     2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), label, capture_warnings)
     3. │ ├─testthat .capture(...)
     4. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     5. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
     6. ├─... %>% ...
     7. ├─tidyMicro::pca_3d(., table = "P", time_var = day, subject = study_id)
     8. │ ├─table %nin% unique(micro_set$Table)
     9. │ │ └─base f(...)
     10. │ └─base::unique(micro_set$Table)
     11. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     12. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     13. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     14. │ └─otu_tabs %>% ...
     15. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     16. │ └─plyr::llply(...)
     17. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     18. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     19. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     20. │ └─... %>% ...
     21. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     22. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     23. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     24. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     25. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     26. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     27. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     28. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     29. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     30. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     31. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     32. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     33. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     34. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     35. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     36. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     37. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     38. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     39. ├─rlang::.data$Lib
     40. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     41. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     42. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_pca_3d.R:17:3): Requires 'time_var' and 'subject' ───────────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─tidyMicro::tidy_micro(...) at test_pca_3d.R:17:2
     2. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     3. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     4. │ └─otu_tabs %>% ...
     5. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     6. │ └─plyr::llply(...)
     7. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     8. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     9. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     10. │ └─... %>% ...
     11. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     12. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     13. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     14. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     15. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     16. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     17. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     18. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     19. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     20. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     21. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     22. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     23. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     24. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     25. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     26. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     28. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     29. ├─rlang::.data$Lib
     30. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     31. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     32. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_ra_bars.R:6:3): ra_bars can't have both top_taxa and RA ─────────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─... %>% filter(day == 7) at test_ra_bars.R:6:2
     2. ├─dplyr::filter(., day == 7)
     3. ├─tidyMicro::tidy_micro(...)
     4. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     5. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     6. │ └─otu_tabs %>% ...
     7. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     8. │ └─plyr::llply(...)
     9. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     10. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     11. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     12. │ └─... %>% ...
     13. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     14. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     15. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     16. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     17. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     18. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     19. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     20. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     21. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     22. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     23. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     24. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     25. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     26. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     28. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     29. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     30. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     31. ├─rlang::.data$Lib
     32. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     33. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     34. └─rlang::abort(...)
     ── Error (test_tidyMicro.R:20:3): Named lists and lists give same result ───────
     Error: Can't subset `.data` outside of a data mask context.
     Backtrace:
     ▆
     1. ├─tidyMicro::tidy_micro(...) at test_tidyMicro.R:20:2
     2. │ ├─base::suppressWarnings(...)
     3. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     4. │ └─otu_tabs %>% ...
     5. ├─plyr::ldply(., mul_otu_long, .meta = clinical, .id = "Table")
     6. │ └─plyr::llply(...)
     7. │ ├─base::structure(lapply(pieces, .fun, ...), dim = dim(pieces))
     8. │ └─base::lapply(pieces, .fun, ...)
     9. │ └─tidyMicro FUN(X[[i]], ...)
     10. │ └─... %>% ...
     11. ├─dplyr::select(., rlang::.data$Lib, rlang::.data$Taxa, dplyr::everything())
     12. ├─dplyr:::select.data.frame(...)
     13. │ └─tidyselect::eval_select(expr(c(...)), .data)
     14. │ └─tidyselect:::eval_select_impl(...)
     15. │ ├─tidyselect:::with_subscript_errors(...)
     16. │ │ ├─base::tryCatch(...)
     17. │ │ │ └─base tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
     18. │ │ │ └─base tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
     19. │ │ │ └─base doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
     20. │ │ └─tidyselect:::instrument_base_errors(expr)
     21. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
     22. │ └─tidyselect:::vars_select_eval(...)
     23. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(expr, data_mask, context_mask)
     24. │ └─tidyselect:::eval_c(expr, data_mask, context_mask)
     25. │ └─tidyselect:::reduce_sels(node, data_mask, context_mask, init = init)
     26. │ └─tidyselect:::walk_data_tree(new, data_mask, context_mask)
     27. │ └─tidyselect:::eval_context(expr, context_mask)
     28. │ └─rlang::eval_tidy(expr, context_mask)
     29. ├─rlang::.data$Lib
     30. └─rlang:::`$.rlang_fake_data_pronoun`(rlang::.data, Lib)
     31. └─rlang:::stop_fake_data_subset(call)
     32. └─rlang::abort(...)
    
     [ FAIL 18 | WARN 0 | SKIP 2 | PASS 2 ]
     Error: Test failures
     Execution halted
Flavor: r-devel-windows-x86_64-new-UL

Version: 1.47
Check: re-building of vignette outputs
Result: WARN
    Error(s) in re-building vignettes:
    --- re-building 'tidy_micro_vignette.Rmd' using rmarkdown
    Quitting from lines 88-93 (tidy_micro_vignette.Rmd)
    Error: processing vignette 'tidy_micro_vignette.Rmd' failed with diagnostics:
    Can't subset `.data` outside of a data mask context.
    --- failed re-building 'tidy_micro_vignette.Rmd'
    
    SUMMARY: processing the following file failed:
     'tidy_micro_vignette.Rmd'
    
    Error: Vignette re-building failed.
    Execution halted
Flavor: r-devel-windows-x86_64-new-UL

Version: 1.47
Check: package dependencies
Result: ERROR
    Packages required but not available: 'car', 'lme4', 'factoextra'
    
    See section 'The DESCRIPTION file' in the 'Writing R Extensions'
    manual.
Flavor: r-devel-windows-x86_64-new-TK